A Comissão Europeia tem sede em Bruxelas, mas está obrigada a manter alguns serviços no Luxemburgo.
Nos termos do Tratado, o Parlamento Europeu tem sede em Estrasburgo, onde se realizam 12 sessões plenárias por ano, enquanto que as sessões plenárias suplementares têm lugar em Bruxelas. O seu Secretariado-Geral está estabelecido no Luxemburgo.
As sessões do Conselho realizam-se em Bruxelas nove meses por ano e em Abril, Junho e Outubro realizam-se no Luxemburgo. (Trata-se da chamada "regra de dez", dado que Abril corresponde ao quarto mês do ano e Junho ao sexto, que somados correspondem ao décimo mês, ou seja, Outubro).
A maioria dos funcionários da UE trabalha actualmente em Bruxelas, onde se encontram os principais edifícios do Parlamento Europeu e onde se reúnem as comissões parlamentares.
O Banco Central Europeu tem sede em Francoforte.
As sedes das instituições só podem ser alteradas por unanimidade. Na Convenção sobre o Futuro da Europa discutiu-se a possibilidade de alterar esta regra, mas acabou por se manter a situação actual. As agências estão sediadas em vários locais.